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Die Geomikrobiologie (altgriechisch γῆ, ge „Erde“, μικρός, mikros „klein“, βίος, bios „Leben“ und λόγος, logos „Wort“) ist ein Zweig der Mikrobiologie. Sie befasst sich im Wesentlichen mit den Einflüssen mikrobieller Stoffwechselvorgänge auf die Beschaffenheit der oberflächennahen Schichten der Erde (Erdkruste mit Lithosphäre und Hydrosphäre sowie Atmosphäre) und mit den Eigenschaften der betreffenden Mikroorganismen. Sowohl die gegenwärtigen Einflüsse wie auch die der Erdgeschichte werden behandelt.
