Hallintarekisteri (hallintarekisteröinti) on arvopaperikeskuksessa tai vastaavassa käytetty menettely, jossa rekisteriin merkitään arvopaperin todellisen omistajan sijasta vain arvo-osuustilin hallintarekisteröinnin hoitaja. Hallintarekisteröinnin hoitaja kirjaa asiakkaidensa omistukset vain omiin tietojärjestelmiinsä ja kunkin hallintarekisteröidyn tilin omistajien omistukset näkyvät arvo-osuustilillä yhtenä hallintarekisteröinnin hoitajan hallinnoimana omistuksena.