De dynastie der Hamengkubuwono (ook: Hamengkoeboewono), een tak van het keizerlijk huis van Kartasura, dat pretendeert af te stammen van de koningen van Mataram, regeert sinds 1755 over het sultanaat van Yogyakarta. De stichter was raden mas Sujana, die de rechten op de troon van de susuhunans van Mataram die zijn oudere broer Pakubuwono deed gelden niet erkende. De prins kwam in opstand en veroverde in een jarenlange en uitputtende burgeroorlog (Javaanse successie-oorlogen) het zuidwesten van Mataram. Het rijk werd in het Verdrag van Giyanti uiteindelijk gesplitst en raden mas Sujana besteeg in 1755 als Hamengkubuwono I de troon van Yogyakarta. De sultans van Yogyakarta zijn binnen de Javaanse adel een jongere tak van het Huis van Mataram en de susuhunans van Surakarta zijn de oudere tak. De huidige sultan is Hamengkubuwono X. De vorsten van Yogyakarta en Surakarta oefenden tussen 1755 en het moment van de overgave van Nederlands-Indië aan Japan op 8 maart 1942 weinig macht meer uit omdat zij aan verdragen en akkoorden met de VOC en Nederland waren gebonden. De sultan werd bijgestaan door een Nederlandse resident die protocollair als diens "oudere broer" optrad. De gouverneur-generaal van Nederlands-Indië was de "grootvader" van de sultan en de sultan was diens "kleinzoon". In de feodale verhouding was Nederland suzerein.
Na de onafhankelijkheid van Indonesië verwierf van het sultanaat van Yogyakarta wel weer enige politieke macht vanwege de steun van het hof van Yogyakarta voor de onafhankelijkheidsstrijd voor de Republiek Indonesië van 1945 tot 1949. Toen werd bepaald dat de sultan van Yogyakarta voortaan gouverneur zou zijn van de provincie Yogyakarta, die in feite uit niet meer dan het grondgebied van het sultanaat bestaat. Bij het aantreden van Hamengkubuwono X op 7 maart 1989 bleek echter dat president Soeharto zich niet aan deze afspraak wilde houden, maar op 30 augustus 2012 besloot het nationale parlement van Indonesië dat deze afspraak gehandhaafd bleef. Sindsdien is de sultan weer gouverneur. Deze afspraak bepaalde ook dat de Paku Alam vicegouverneur van de provincie Yogyakarta zou zijn.