Rakenneisomeriassa eli konstituutioisomeriassa atomien, sidosten ja funktionaalisten ryhmien paikat vaihtelevat. Yhdisteillä on sama molekyylikaava, mutta niiden rakenne on erilainen.[1] Tähän lajiin kuuluu ketjuisomeria, jossa pitkät hiiliketjut haarautuvat ja rakentuvat eri tavoilla. Paikkaisomeereillä funktionaalinen ryhmä voi sijaita eri paikoissa ketjua, kun taas funktioisomeereillä on sama molekyylikaava, mutta erilaiset funktionaaliset ryhmät.