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Sachsen-Jena war ein wettinisches Territorium in Thüringen, das im letzten Drittel des 17. Jahrhunderts für kurze Zeit von eigenen Herzögen der ernestinischen Linie der Wettiner regiert wurde. (vgl. Ernestinische Herzogtümer).
Sachsen-Jena entstand 1672 aus einer Landesteilung innerhalb des Herzogtums Sachsen-Weimar. Die Residenzstadt war Jena. 1690 fiel das Gebiet zum Teil an Sachsen-Weimar zurück, ein anderer Teil kam zu Sachsen-Eisenach.