Stem-loop

Lo stem-loop è una conformazione intramolecolare basata sull'accoppiamento delle basi azotate che può insorgere a livello di un DNA a singolo filamento o, più frequentemente, in RNA. Questa struttura è anche nota come forcina o ansa forcina.

Essa insorge quando due regioni dello stesso filamento si accoppiano in accordo con le regole di appaiamento delle basi azotate formando una doppia elica che termina in un'ansa non appaiata. Generalmente le regioni che manifestano questa struttura sono provvisti di una sequenza complementare se lette in direzioni opposte. Lo stem-loop è una struttura che sta alla base di molte conformazioni secondarie dell'RNA ed ha molte funzioni di fondamentale utilità, come ad esempio può influenzare il ripiegamento strutturale del filamento, ha funzione protettiva per l'RNA messagero (mRNA), può fornire l'RNA di siti di riconoscimento per proteine specifiche (RNA binding proteins) e funge da substrato per reazioni enzimatiche.^[1]