Interakcija gena podrazumijeva međudjejstvo dva ili više gena u realizaciji sinteze jednog i/ili više strukturnih ili enzimskih proteina. Priroda te interakcije bitno zavisi od broja involviranih gena i funkcionalnih relacija među njihovim alelima. Metodološki razlozi sugeriraju potrebu distinkcije dva oblika ovog pojma: interakcija alelnih gena i interakcija nealelnih gena.