Patogen (též etiologické agens, patogenní agens, choroboplodný zárodek nebo původce nemoci) je biologický faktor (činitel), který může zapříčinit onemocnění hostitele.
Pojem „patogen“ se často používá ve zúženém významu ve smyslu organismu, který může narušit normální fyziologické procesy mnohobuněčného organismu. V plném významu patogen představuje veškeré biologické faktory infikující jakoukoliv součást biologické říše. Za patogen považujeme všechny chorobné činitele včetně virů a viroidů, které nemůžeme označit za pravé organismy.