Taxonomie (z řec. taxis – uspořádání, nomos – zákon) je v užším slova smyslu vědní obor, který se zabývá teorií a praxí klasifikace organismů.[1] Jejím cílem je klasifikovat všechny známé biologické skupiny (taxony) podle určitých pravidel do jednotlivých hierarchicky uspořádaných biologických kategorií.
V širším slova smyslu se taxonomie překrývá s biologickou systematikou, tedy vědou, která studuje nejen klasifikaci, ale i obecné principy variability (diverzity) jednotlivých druhů nebo vyšších taxonů a zabývá se i příčinami a důsledky této variability.[1]