Eglwys fwyaf yr Aifft ac eglwys hunanbenaethol dan Bab yw Eglwys Goptaidd sy'n rhan o gymundeb Eglwysi'r tri cyngor. Gelwir aelodau'r eglwys yn Goptiaid; maent yn olrhain hanes eu heglwys i genhadaeth Sant Marc. Copteg yw iaith litwrgïaidd yr eglwys.
Yr Eglwys Goptaidd yw un o'r rhai hynaf sy'n bodoli. Dichon iddi gael ei sefydlu yn yr ail ganrif yng ngogledd yr Aifft. Un o seiliau ei chred yw Miaffysiaeth, sy'n groes i ddysgeidiaeth Ddyoffysaidd yr Eglwys Gatholig a'r Eglwys Uniongred Ddwyreiniol fel ei gilydd. Oherwydd cysylltiad y Miaffysiaeth â'r Monoffysiaeth a gondemniwyd gan Cyngor Chalcedon yn y flwyddyn 451, byth er hynny mae'r Eglwys Goptaidd wedi bod yn ynysig yn y Byd Cristnogol.
Ychwanegwyd at yr agendor gan oresgyniad yr Aifft gan y Mwslemiaid yn 642, a ddaeth â newidiadau cymdeithasol a diwylliannol mawr yn ei sgîl. Dioddefodd yr Eglwys Goptaidd rywfaint o erledigaeth ond ar y cyfan llwyddodd i oroesi heb orfod ildio llawer, fel yn achos sawl eglwys Gristnogol arall yn y Dwyrain Canol yn y cyfnod Mwslemaidd.
Mae dinas Alecsandria wedi chwarae rhan ganolog yn hanes yr eglwys o'r cychwyn cyntaf a hyd heddiw mae sedd y patriarch Coptaidd yno. Mae'r Coptiaid mewn cymundeb ag Eglwysi eraill y tri cyngor, yn arbennig yr Eglwys Uniongred Ethiopia, yr Eglwys Apostolaidd Armenia (eglwys genedlaethol Armenia) a'r Eglwys Uniongred Syrieg. Yn 1741 ymunodd rhai o'r Coptiaid yn yr Eglwys Gatholig fel eglwys uniadol a elwir yr Eglwys Gatholig Goptaidd. Hyd 1959 roedd yr Eglwys Uniongred Ethiopia yn rhan o'r Eglwys Goptaidd, ond yn y flwyddyn honno cyhoeddodd ei hun yn annibynnol.
Pab cyfredol yr Eglwys yw Tawadros II.