Ikke at forveksle med Frihavnsbanen.
Frihavnsjernbanen var en privat godsjernbane i Københavns Frihavn, der forbandt denne med Toldboden og med DSBs rangerterræn ved Østerport Station. Jernbanen befandt sig toldmæssigt i udlandet og var omgivet af et dobbelt støbejernsgitter. Banen blev drevet af Kjøbenhavns Frihavns-Aktieselskab (derfor ofte forkortet KFA) og blev nedlagt 2005. Banedriften blev allerede nedlagt i Søndre Frihavn i 1985 samtidig med, at området blev nedlagt som frihavn.