Die 12. U-Flottille (12. Unterseebootflottille) war ein militärischer Verband der ehemaligen deutschen Kriegsmarine im Zweiten Weltkrieg, welche vom Oktober 1942 bis zum August 1944 existierte. Ihre Geschichte endete nach der alliierten Invasion Frankreichs im August 1944, als die letzten seetüchtigen Boote zu den U-Stützpunkten Bergen und Flensburg-Kielseng verlegten oder in den Fernen Osten zurückkehrten. Die Flottille erhielt zudem den ersten einsatzbereiten U-Boot-Bunker im Januar 1943.