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Insgesamt 36 Mannschaften meldeten sich zur Teilnahme am Afrika-Cup 1998 in Burkina Faso.
Titelverteidiger Südafrika und Gastgeber Burkina Faso waren für die Endrunde automatisch qualifiziert. Von den restlichen 34 Mannschaften hatten 22 ein Freilos für die Hauptrunde, die sieben Gruppen zu je vier Mannschaften umfasste. Die restlichen 12 Mannschaften ermittelten in einer K.o.-Runde mit Hin- und Rückspielen die restlichen 6 Teilnehmer der Hauptrunde. Die Gruppensieger und Gruppenzweiten der Hauptrunde qualifizierten sich für den Afrika-Cup 1998 in Burkina Faso.