Als Auflichtmikroskopie werden in der Mikroskopie Beleuchtungsverfahren bezeichnet, bei denen das Licht durch das Objektiv (im Schemabild blaue Pfeile) oder seitlich am Objektiv vorbei (grüner Pfeil) auf das Präparat geleitet wird. Im Gegensatz zur weiter verbreiteten Durchlichtmikroskopie wird das Präparat bei der Auflichtmikroskopie also nicht durchstrahlt (gelbe Pfeile).
Eine Beleuchtung durch die Linsen des Objektivs kann erfolgen, wenn sich oberhalb des Objektivs ein Halbdurchlässiger Spiegel im Strahlengang befindet, der das Licht für die Beleuchtung von jenem zum Detektor (Auge oder Kamera) trennt. Weitere Möglichkeiten zur Auflichtbeleuchtung sind die Beleuchtung durch Lampen, die seitlich am Objektiv vorbei strahlen, oder die Verwendung eines Lieberkühn-Spiegels.
Auflichtmikroskopie wird für lichtundurchlässige Objekte wie etwa Gesteinsproben verwendet, aber auch für größere Objekte, beispielsweise in der Stereomikroskopie.
Dieser Artikel behandelt Auflichtmikroskopie mit normalem weißen Licht. Fluoreszenzmikroskopie, bei der ebenfalls meist Auflicht verwendet wird, ist in einem eigenen Artikel beschrieben.