Eine Biotopkartierung ist eine Erfassung der Lebensräume in einem bestimmten Gebiet, um diese hinsichtlich ihrer Bedeutung für den Naturhaushalt zu bewerten. Hierzu werden vor allem Geoinformationssysteme (GIS) genutzt. Biotopkartierungen werden meist im Auftrag von Behörden durchgeführt, aber auch von naturschutzinteressierten Privatleuten, etwa in Naturschutzverbänden oder im Rahmen von Forschungsarbeiten.
