Das Christentum spielt in Japan eine untergeordnete Rolle, denn die Vorstellung eines einzigen allmächtigen Gottes zeigt mit den traditionellen religiösen Vorstellungen des Shintō und des Buddhismus wenig Übereinstimmung. War während der Missionierung in Japan des 16. Jahrhunderts noch ein Drittel der japanischen Bevölkerung zum Katholizismus übergetreten, bekennt sich in der Gegenwart laut offiziellen Quellen nur noch ein Prozent der Japaner zum Christentum in seinen verschiedenen Ausprägungen. Eine Umfrage des Meinungsforschungsinstituts Gallup ergab jedoch, dass bis zu sechs Prozent der Japaner dem christlichen Glauben offen gegenüberstehen. Sieben der japanischen Premierminister waren bekennende Christen: Hara Takashi, Takahashi Korekiyo, Yoshida Shigeru, Katayama Tetsu, Hatoyama Ichirō, Ōhira Masayoshi und Tarō Asō.
Zwischen 1614 und 1873 war die Verbreitung des Christentums in Japan verboten sowie härtesten Verfolgungen und Repressionen ausgesetzt. Dennoch hielten sich einzelne christliche Gruppen im Untergrund, die als Kakure kirishitan (隠れキリシタン), „versteckte Christen“, oder auch Sempuku kirishitan (潜伏キリシタン), „verborgene Christen“, bezeichnet werden. Nach der Öffnung des Landes in religiöser Hinsicht bekannten sich zahlreichere Christen zur römisch-katholischen Kirche, einige blieben im Untergrund und werden gelegentlich Hanare kirishitan (離れキリシタン), „Separat-Christen“, genannt.
Die römisch-katholische Kirche zählt in Japan zurzeit etwa 540.000 Mitglieder (Stand: 2017).[1] Die von dem russischen Missionar Nikolai von Japan im 19. Jahrhundert gegründete orthodox-christliche Kirche in Japan hat etwa 30.000 Mitglieder. Die evangelischen Kirchengemeinden in Japan haben etwa 650.000 Glaubensangehörige. Sie wurden im 19. und 20. Jahrhundert von Missionaren aus westlichen Ländern gegründet. Die ersten Gemeinden waren presbyterianisch und kongregationalistisch geprägt. Heute gehören die meisten japanischen Protestanten der Vereinigten Kirche Christi in Japan an, einer Unionskirche. Die nächstgrößere Kirche ist die anglikanische Nippon Sei Ko Kai.
Christen in Japan betreiben einen im Vergleich zu ihrem Bevölkerungsanteil hohen Anteil an Schulen, Hochschulen (von landesweit rund 700 Hochschulen sind 75 christlich) und sonstigen Bildungseinrichtungen. Von den Schülern und Studenten wird kein Bekenntnis zum Christentum verlangt.[2] In den 1930er Jahren bekannten sich einige hundert Japaner zu den Zeugen Jehovas. Ihre Religionsgemeinschaft war während des Zweiten Weltkrieges, als Japan und die USA Kriegsgegner waren, verboten. Seit Ende des Krieges erhöhte sich in den 1950er Jahren die Anzahl der bekennenden Gläubigen der Zeugen Jehovas auf etwa 219.000 Mitglieder (Stand: 2008).