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Als Chromatophor (aus altgriechisch χρωμάτιον chrōmátion ‚Pigment‘ und φορός phorós ‚tragend‘) wird in der Zellbiologie der pigmenttragende Anteil einer Zelle bezeichnet, der als Einstülpung der Zellmembran in das Zytoplasma oder als geschlossene Membranumhülle ausgebildet ein eigenes Zellkompartiment bzw. ein Organell darstellt. Solch ein Chromatophor findet sich in manchen Bakterienzellen und pflanzlichen Zellen.