Die Flora und Vegetation der maltesischen Inseln zeichnet sich durch ihren typisch mediterranen Charakter aus. Sie steht insbesondere der Flora und Vegetation des nur rund 100 Kilometer entfernten Siziliens nahe, ist aber zusätzlich von der nordafrikanischen Pflanzenwelt beeinflusst.
Mit rund 1100 höheren Pflanzenarten weisen die maltesischen Inseln angesichts ihrer geringen Größe, der geringen Habitatdiversität und des enormen menschlichen Einflusses für eine Mittelmeerflora einen bemerkenswerten Artenreichtum auf. Ein großer Anteil der Arten gilt dabei als nicht einheimisch.
Kein Bereich des Archipels ist von menschlichen Einflüssen freigeblieben, seine Umgestaltung begann bereits zu neolithischer Zeit mit der Holznutzung. Heute sind die Inseln annähernd waldlos, charakteristisch sind vor allem Vegetationsformen wie Steppe, Macchie oder die besonders häufige Garrigue.
Die Erforschung der maltesischen Flora begann im 17. Jahrhundert, aber erst im 20. Jahrhundert zeichnete sich eine kontinuierliche floristische Arbeit ab. Der außerordentlich hohe, durch den zunehmenden Tourismus noch gesteigerte menschliche Einfluss wirft zunehmend Fragen nach möglichen Lösungen für die sich ergebenden Konflikte zwischen Mensch und Natur auf.