Die Geschichte der Berliner S-Bahn ist ein langer Prozess, in dem ein innerstädtisches, elektrisch betriebenes Nahverkehrssystem in Berlin geschaffen wurde. Die Inbetriebnahme der ersten Strecke erfolgte am 8. August 1924, nachdem die wesentlichen Voraussetzungen mit der Einführung eines Nahverkehrstarifs und die Trennung von Nah- und Fernverkehr auf der Schiene schon 1891, also mehr als 30 Jahre vorher geschaffen worden waren.
Erste elektrische Versuchsbetriebe fanden ab 1900 statt. Im Juli 1903 begann ein Versuchsbetrieb auf der Anhalter Vorortbahn bis Groß-Lichterfelde Ost, der bald in einen Regelbetrieb überging und Mitte der 1920er modernisiert wurde. Im August 1924 ging die erste mit seitlicher, von unten bestrichener Stromschiene und 750 Volt Gleichspannung elektrifizierte Eisenbahnstrecke vom Stettiner Vorortbahnhof (als Nordbahnhof) nach Bernau in den Regelbetrieb.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das S-Bahn-Netz schnell von Kriegsschäden befreit. Ende 1947 war bis auf wenige Ausnahmen das gesamte Netz wieder befahrbar. Der Bau der Berliner Mauer im Jahr 1961 führte zum größten Einschnitt in den Betrieb und das Netz der S-Bahn. Während das Netz in Ost-Berlin weiter ausgebaut wurde, sanken die Fahrgastzahlen in West-Berlin aufgrund von Boykotten, wodurch der Betrieb von der die S-Bahn verwaltenden Deutschen Reichsbahn weiter vernachlässigt und 1980 nach einem Streik der Angestellten schließlich auf etwa der Hälfte der Streckenlänge eingestellt wurde. 1984 übernahmen die West-Berliner Verkehrsbetriebe den Betrieb im Westteil und begannen dessen Sanierung und wieder den vollständigen Betrieb. (In diesem Zusammenhang begann die BVG – statt der sogenannten Zuggruppenbezeichnung – auf den drei von ihr betriebenen Strecken analog zur U-Bahn erstmals auch Liniennummern einzuführen.)[1] Nach dem Fall der Mauer kam es 1990 wieder zur Zusammenführung der beiden seit 1961 getrennten S-Bahn-Netze.