Als Geschlechtschromosom oder Gonosom (manchmal auch Heterochromosom, Heterosom oder Allosom) werden Chromosomen bezeichnet, deren Karyotyp das genetische Geschlecht eines Individuums bestimmt.
Geschlechtschromosomen bilden in einem der Geschlechter kein homologes Paar, sondern unterscheiden sich deutlich in ihrem Inhalt. Häufig unterscheiden sich die Geschlechtschromosomen auch in ihrer Größe. Das menschliche Y-Chromosom ist etwa deutlich kleiner als das X-Chromosom, bei der Weißen Lichtnelke ist das Y-Chromosom hingegen deutlich größer. Nicht-geschlechtsbestimmende Chromosomen, die Autosomen, liegen in diploiden Zellen hingegen als Paare aus nahezu identischen homologen Chromosomen vor.
Wenn das Geschlecht chromosomal bestimmt wird, wird es entsprechend den Mendelschen Regeln vererbt. Diese Form der Geschlechtsbestimmung ist im Lauf der Evolution bei verschiedenen Artengruppen unabhängig voneinander entstanden[1] und kommt beispielsweise bei Säugetieren, Vögeln und einigen Insekten[2], aber auch in Gefäßpflanzen vor. Bei anderen Arten wird das Geschlecht dagegen durch Umweltbedingungen festgelegt, z. B. durch die Temperatur bei der Embryonalentwicklung (siehe Geschlechtsdetermination).