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Das Gouvernement Tomsk (russisch Томская губерния/Tomskaja gubernija) war eine Verwaltungseinheit des Russischen Reiches in Westsibirien. Es umfasste das obere und mittlere Gebiet des Ob-Flusses. Es grenzte im äußersten Südosten an das Kaiserreich China, innerhalb Russlands an die Gouvernements Jenisseisk und Tobolsk sowie die Oblast Semipalatinsk. Es war viel größer als die heutige Oblast Tomsk und umfasste auch in etwa das Territorium der heutigen Oblast Nowosibirsk, der Region Altai, der Republik Altai, der Oblast Kemerowo sowie einige Landstriche im heutigen Ostkasachstan.
Das Gebiet hatte 857.682 km², Hauptstadt war Tomsk.
Das Gouvernement wurde 1804 von Tobolsk abgespalten, mit dem es bis 1882 das Generalgouvernement Westsibirien bildete. Schon 1783–1796 hatte es in der Gegend ein Gouvernement Kolywan gegeben. Nach dem Ersten Weltkrieg mehrfach durch die Bildung der Altairegion (1917), der Gouvernements Omsk (1919) und Nowo-Nikolajewsk (1921) verkleinert, ging es 1925 endgültig in der Region Sibirien auf.
Um 1900 zerfiel es in sieben Ujesdy (Kreise):