Henry Clay Niles (* 21. Oktober 1850 in Kosciusko, Mississippi; † 26. September 1918 in Jackson, Mississippi) war ein US-amerikanischer Jurist und Politiker. Nach seiner Berufung durch Präsident Benjamin Harrison fungierte er von 1892 bis zu seinem Tod im Jahr 1918 als Bundesrichter am Bundesbezirksgericht für den südlichen und den nördlichen Distrikt von Mississippi.