Die Hippocampus-Debatte war eine Kontroverse zwischen den britischen Biologen Richard Owen und Thomas Henry Huxley über die taxonomische Einordnung des Menschen in das Tierreich.
Sie wurde im Sommer 1860, zwei Tage vor der Huxley-Wilberforce-Debatte, auf der Jahrestagung der British Association for the Advancement of Science in Oxford ausgelöst, als der bedeutendste britische Anatom Richard Owen erneut behauptete, dass sich der Mensch von den anderen Primaten durch bestimmte morphologische Besonderheiten im Gehirnaufbau, insbesondere das Vorhandensein eines Hippocampus minor, unterscheide und er eine eigene Unterklasse in der Klasse der Säugetiere bilde. In der Diskussion trat Thomas Henry Huxley dieser Auffassung entgegen und versprach, Owens Behauptung zu widerlegen.
Zum Teil von Huxley initiiert, erschien in der Folgezeit eine Reihe von wissenschaftlichen Untersuchungen an Primatengehirnen, die Owens Darstellungen widersprachen. Owen beharrte jedoch mehrfach auf seiner Einschätzung der Untersuchungsergebnisse. Die Auseinandersetzung, die von der britischen Öffentlichkeit mit großem Interesse verfolgt wurde, ebbte 1863 nach dem Erscheinen von Huxleys Werk Evidence as to Man’s Place in Nature ab.
Der öffentliche Streit zwischen dem „Britischen Cuvier“ Owen und „Darwin’s Bulldog“ Huxley war ein wichtiger Schritt zur Anerkennung von Charles Darwins Evolutionstheorie und beschädigte Owens Ruf als Wissenschaftler nachhaltig.