Zum System der S-Bahn Rhein-Main zählen neun S-Bahn-Linien. Mit Ausnahme der Linie S 7 führen alle Linien durch den City-Tunnel in Frankfurt am Main, der wie folgt verläuft:
Vier der neun Linien führen zudem durch den City-Tunnel Offenbach mit den Stationen:
Für die vergaberechtlichen Ausschreibungen sind die Linien S1, S7, S8 und S9 zu dem Teilnetz Kleyer, benannt nach dem Ingenieur Heinrich Kleyer, und die Linien S3 bis S6 zu dem Teilnetz Gallus, benannt nach dem durchfahrenen Frankfurter Stadtteil Gallus, zusammengefasst. Die S2 bildet ein drittes Teilnetz. Alle Linien werden von DB Regio betrieben.