Diese Liste enthält alle Nummer-eins-Hits in Deutschland im Jahr 1999. Es gab in diesem Jahr zehn Nummer-eins-Singles und 21 Nummer-eins-Alben.
Die Single- und Albumcharts wurden von Media Control wöchentlich zusammengestellt. Sie berücksichtigten die Verkäufe von Montag bis Samstag einer Woche. Offizieller Veröffentlichungstermin war jeweils der Montag zehn Tage nach dem Ende des Wertungszeitraumes.