Diese Liste von sequenzierten eukaryontischen Genomen umfasst Eukaryonten, das sind Lebewesen mit Zellkern, deren Genom sequenziert wurde.
Kleinere DNA-Bruchstücke wurde erstmals 1977 sequenziert, das heißt ihre Basensequenz wurde mit Hilfe von DNA-Sequenzierung ermittelt. Nach und nach wurde die DNS von ganzen Genomen verschiedener Organismen sequenziert. Die erste Sequenzierung des vollständigen Genoms eines Lebewesens gelang 1995 mit dem Bakterium Haemophilus influenzae. Die so ermittelten Basensequenzen werden über das Internet, unter anderem vom NCBI, bereitgestellt.
1996 wurde mit der Backhefe (Saccharomyces cerevisiae), die zu den Pilzen gehört, das erste Genom eines Eukaryonten veröffentlicht und 1998 wurde mit dem zu den Tieren gehörenden Fadenwurm Caenorhabditis elegans das erste Genom eines Mehrzellers veröffentlicht.
Die Forschung konzentrierte sich zunächst auf die Sequenzierung von Organismen, die entweder für die Grundlagenforschung oder die für die anwendungsorientierte, medizinisch-pharmazeutische Forschung von besonderem Interesse sind. Solche eukariontische Organismen sind in dieser Liste zu finden. Mit dem Fortschritt der Technik wurde die Sequenzierung immer schneller und einfacher, so dass inzwischen das Genom von über 50.000 (Stand: 2020) verschiedenen Organismen analysiert werden konnte.