Medizinisches Wissen ist heute in etwa 1000 Fachdatenbanken abgelegt. Dabei unterscheidet man zwischen Literaturdatenbanken (z. B. MEDLINE), die bibliographische Verweise auf Zeitschriftenartikel enthalten, Faktendatenbanken (z. B. ChemIDplus[1] oder PubChem[2]), die das gesuchte Wissen im Volltext bereitstellen, und Bilddatenbanken (z. B. DERMIS[3]).
Zu den wichtigsten Einrichtungen, die medizinische Datenbanken bereitstellen, gehört die National Library of Medicine (NLM) in Bethesda, Maryland, USA sowie das National Center for Biotechnology Information (NCBI). Beide Einrichtungen arbeiten eng mit den National Institutes of Health (NIH) zusammen.
In Deutschland ist das Deutsche Institut für medizinische Dokumentation und Information (DIMDI) in Köln ein zentraler Anbieter von Datenbanken. Kommerziell gehört die Firma Dialog zu den größten Providern.
Ferner umfasst der Begriff Medizinische Datenbank auch jene Datenbanken, mit Informationen über Patienten, z. B. Patientenstammdaten, Versicherungsnummer, Laborbefunde, Ergebnisse von bildgebenden Untersuchungen usw.