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Metatheorie ist die Bezeichnung für eine Theorie, deren Forschungsgegenstand eine andere Theorie oder eine Menge anderer Theorien ist. Dazu zählen die Systemtheorie, die Kybernetik und die Informatik.
Eine Metatheorie ist also eine Theorie über eine Theorie bzw. einige Theorien oder über alle möglichen Theorien. Sie kann beschreibende, erklärende, prognostische und empfehlende Aussagen über ihren Untersuchungsgegenstand machen. Dazu untersucht sie die logische Struktur der Theorie(n), dazu Begriffssystem, Grenzen, Entwicklungsmöglichkeiten, Beweisverfahren usw. der Theorie(n), wobei sie sich einer Metasprache bedient.