Mikkel E.G. Nielsen (* 19. Juli 1973 in Aarhus) ist ein dänischer Filmeditor.
Nielsen ist seit Ende der 1990er Jahre als Editor tätig und wirkte bei mehr als 35 Produktionen mit. Für seine Arbeit an den Filmen Reconstruction und King’s Game wurde er 2004 und 2005 mit dem Robert für den besten Schnitt ausgezeichnet, die folgenden Jahre wurde er noch mehrmals nominiert.
Bei der Oscarverleihung 2021 wurde er mit dem Oscar in der Kategorie Bester Schnitt für Sound of Metal ausgezeichnet. Im Sommer 2021 wurde Nielsen Mitglied der Academy of Motion Picture Arts and Sciences.