Mutagene sind äußere Einwirkungen, die Genmutationen oder Chromosomenaberrationen auslösen, also das Erbgut eines Organismus verändern. Hierbei unterscheidet man physikalische Mutagene wie Strahlung und hohe Temperaturen, chemische Mutagene[1] wie z. B. Nitrosamine und polycyclische aromatische Kohlenwasserstoffe sowie biologische Mutagene wie z. B. HP-Viren und Epstein-Barr-Viren. Die Eigenschaft, Mutationen auszulösen, wird als Mutagenität bezeichnet, teilweise mit Bezug auf ein Organ wie z. B. Keimzellmutagenität.
Mutagene führen über einen DNA-Schaden zu einer Mutation. Die normale Mutationsrate (Häufigkeit, mit der sich ein oder mehrere Gene verändern) liegt bei höheren Organismen bei 10−5 bis 10−9 pro Gen und Generation. Mutagene bewirken einen Anstieg dieser natürlichen Mutationsrate.