Ein Ninja [japanisch 忍者, deutsch: ‚Verborgener‘) oder Shinobi (忍, wörtlich: ‚Verbergen‘) ist ein besonders ausgebildeter Kämpfer. Der Ursprung findet sich im vorindustriellen Japan. Ninja wurden als Kundschafter, Spion, Saboteur, Brandstifter oder Meuchelmörder eingesetzt. Weibliche Ninja werden Kunoichi genannt. Ninja gehören, wie auch die Samurai (japanisch 侍), zu den bekanntesten Gestalten des mittelalterlich-frühneuzeitlichen Japan, wobei zwischen der tatsächlichen Geschichte und der späteren Umdeutung und Begriffsverzerrung unterschieden werden muss.
] (Nach moderner Geschichtsauffassung war Spionage schon immer integraler Bestandteil der japanischen feudalen Kriegerkultur. Der Kriegerkodex Bushidō (japanisch 武士道) wurde erst im 19. Jahrhundert schriftlich fixiert, und so entwickelte sich in Japan mit der Romantisierung der Vergangenheit im 19. und vor allem 20. Jahrhundert ein scheinbarer Gegensatz zwischen den „ehrenvollen“ Samurai und den „ehrlosen“ Ninja, hauptsächlich als dramaturgischer Effekt für Theater- und Filmgeschichten. Im 20. Jahrhundert gab es mehrmals einen regelrechten Ninja-Boom: Einmal in den 1920er-Jahren in Roman-Form und dann noch einmal in den 1950er- und 1960er-Jahren sowie in den 1980er-Jahren mit billig produzierten Filmen wie American Ninja. Zu dieser Zeit boten auch kommerzielle Kampfsportschulen vermehrt eine Disziplin namens „Ninjutsu“ (japanisch 忍術) an. Insbesondere über die modernen Massenmedien gelangte ein verzerrtes, romantisiertes Bild der Ninja in den Westen, ohne historisch hinterfragt zu werden. Es ist genau zu unterscheiden, ob von dem historischen Einsatz von Spionen gesprochen wird oder ob das moderne Bild des schwarz gekleideten Attentäters gemeint ist.
Verlässliche historische Quellen über Ninja gibt es kaum. Es existieren aber unterschiedliche, ab dem 17. Jahrhundert entstandene geheime Lehrtexte für Ninja, von denen die drei bekanntesten das Bansenshūkai, das Shoninki und das Ninhiden sind. In den meisten seriösen Werken zur japanischen Geschichte werden Ninja ausgeklammert.