Die Orgeln des Stiftes Zwettl sind die Hauptorgel von Ignaz Egedacher und die Chororgel von Gerhard Hradetzky. Die große Hauptorgel wurde 1728–1731 von Johann Ignaz Egedacher aus Salzburg (Werkstatt in Passau) auf der Westempore erbaut. Das Instrument verfügt über 35 Register, drei Manuale und Pedal und gilt als eine der bedeutendsten Barockorgeln Niederösterreichs. 1726–1727 hat Johann Dejobe[1] die Chororgel gebaut, von ihr ist nur das Gehäuse erhalten. In dieses fügte Gerhard Hradetzky 1982 ein Instrument ein, das auf zwei Manualen und Pedal 20 Register umfasst.