Die Pfarrkirche Kaprun, auch St. Margaretha auf dem Stein genannt, ist die römisch-katholische Pfarrkirche der Pfarre Kaprun. Kaprun ist eine Gemeinde im Pinzgau des Landes Salzburg. Die Pfarre gehört zum Dekanat Stuhlfelden der Erzdiözese Salzburg. Patronin der Kirche ist die heilige Margareta von Antiochia.
Die Ursprünge der Kirche sind unklar. Sie dürften aber bis in das 12. Jahrhundert zurückreichen, als sie als Filiale der Mutterpfarre Piesendorf errichtet wurde. Erstmals urkundlich erwähnt wurde die Kirche allerdings erst im Jahr 1409. Seit 1862 ist sie eine eigenständige Pfarrkirche. In den letzten Jahren des 19. Jahrhunderts wurde die alte Kirche umgestaltet, wobei das Langhaus fast vollständig abgetragen und durch einen Neubau ersetzt wurde.
Die Pfarrkirche von Kaprun ist eine in einem neuromanisch-neugotischen Mischstil gestaltete Saalkirche. Sie hat einen im Nordwesten in das Langhaus eingestellten Kirchturm mit Spitzgiebelhelm sowie eine nördlich an den Chor angebaute Sakristei. Ab der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts kam es immer wieder zu Restaurierungs- und Instandhaltungsarbeiten. Dabei wurden unter anderem die alten Wandmalereien wiederhergestellt. Zu den ältesten Objekten in der Kirche zählen zwei Heiligenfiguren aus dem 15. Jahrhundert an den Langhauswänden. Die Altäre und der Großteil des Kircheninventars stammen aus dem 19. und dem 20. Jahrhundert.