Die Philosophie der Biologie (auch Biophilosophie) ist ein Teilgebiet der Wissenschaftstheorie. Themen der Philosophie der Biologie sind die philosophischen Voraussetzungen, Bedingungen und Bewertungen biologischer Theoriebildung, experimenteller Forschung und Anwendungen. Neben den Methoden einer analytischen Wissenschaftstheorie gehören zur Philosophie der Biologie auch wissenschaftshistorische und wissenschaftssoziologische Theorien.
In einem weiteren Sinn wird in der Philosophie der Biologie auch diskutiert, wie Modelle und Methoden aus der Biologie allgemeinere Themen der Philosophie beeinflussen; beispielsweise mit dem Konzept der evolutionären Erkenntnistheorie, in dem das Prinzip der biologischen Evolution auf die Struktur und Möglichkeit von Erkenntnis angewendet wird. Die wachsende Bedeutung biologischer Fachbereiche, wie der Gentechnologie oder der Molekularbiologie und deren zunehmende Technisierung und Ökonomisierung in den letzten Jahrzehnten, führte auch zu zahllosen und andauernden ethischen Problemen und Debatten. Ähnliches gilt auch für die Ökologie, die im Rahmen des Naturschutzes eine breite gesellschaftliche Bedeutung erlangt hat. So gilt die Biologie mit ihren vielfältigen Gegenstandsbereichen und Methoden teilweise auch als die künftige pluralistische „Leitdisziplin“ und „Jahrhundertwissenschaft“ und soll als solche die Physik und den Physikalismus ablösen.[1] Die Übergänge der Philosophie der Biologie zur theoretischen Biologie und zur Neurophilosophie sind fließend.