In einer Prozessorganisation ist ein Unternehmen nach (abteilungs- oder bereichsübergreifenden) Geschäftsprozessen ausgerichtet. Geschäftsprozesse werden dabei häufig in drei Kategorien unterteilt: Kernprozesse (z. B. Marketingprozesse, Produktionsprozesse, Logistikprozesse), Managementprozesse (z. B. Planungs- und Steuerungsprozesse) und unterstützende Prozesse (z. B. Personalprozesse, Prozesse des Rechnungswesens, der Finanzen).
Prozessorganisation basiert somit auf Prozessen, die Aktivitäten mit definierten Folgebeziehungen und mit einem durchgängigen Leistungsfluss verknüpfen. Die Prozesse richten sich am Kunden aus, um für den Kunden und das Unternehmen wertschöpfend zu sein. Einerseits soll dadurch die Koordination verbessert werden – weniger Schnittstellen an Abteilungsgrenzen sollen zu weniger Fehlern bei der zeitlichen und sachlichen Erbringung von (Teil-)Leistungen führen. Andererseits soll die Motivation der Mitarbeiter steigen, da Leistungen wertschöpfend und für den Kunden erbracht werden.
Der Begriff Prozessorganisation wurde von Michael Gaitanides[1] geprägt, der auf der Basis des Reengineering-Konzeptes[2] den traditionellen Terminus der Ablauforganisation ersetzte.