Die Hansestadt Rostock hatte in ihrer Geschichte drei verschiedene offizielle Stadtflaggen. Die heutige Flagge aus dem Jahr 1936 ist eine Wappenflagge, die dem (Stadt)wappen entspricht. Darüber hinaus führte die Stadt zur Zeit der Hanse auch ein eigenes (rot-weiß-rotes) Hansebanner auf ihren Schiffen.
Die 1936 eingeführte Flagge wurde 1946 nach dem Zweiten Weltkrieg und 1991 nach der Deutschen Wiedervereinigung, bestätigt.