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Auf den Fahrplanwechsel vom 14. Dezember 2008 wurde für die Regionalzuglinien im Kanton Aargau eine S-Bahn-Nummerierung eingeführt. Diese S-Bahn Aargau wurde als Ergänzung zu den benachbarten S-Bahn-Netzen Zürich, Basel und Zentralschweiz konzipiert. Die Liniennummern wurden im 20er Bereich gewählt (mit Ausnahme der S14 Menziken–Aarau–Schöftland), damit keine Konflikte mit den angrenzenden in den Kanton Aargau hineinführenden S-Bahn-Linien entstehen.
Neue Haltestellen wurden nicht gebaut, auch wurde kein neues Rollmaterial beschafft. Es handelt sich im Wesentlichen um eine Neubezeichnung der bereits existierenden Bahnverbindungen. Vereinzelt wurden jedoch gewisse Linienführungen geändert (z. B. Durchbindung Langenthal – Baden) und teilweise auch der Fahrplan verdichtet.