Schifferkirche ist die Bezeichnung, bzw. der Beiname für folgende Kirchengebäude:
- Schifferkirche Ahrenshoop in Ahrenshoop
- Schifferkirche in Arnis, Schleswig-Holstein
- ehemalige Binnenschifferkirche Westhafen im Berliner Westhafen
- Maria am Wasser in Dresden-Hosterwitz
- Nikolaikirche in Elmshorn
- Nikolauskirche in Obernberg am Inn
- ehemalige Nikolauskirche (Oberndorf bei Salzburg)
- St. Clemens in Köln-Mülheim
- St. Maria in Lyskirchen in Köln