Als Stauwurzel bezeichnet man den Punkt eines Fließgewässers, bis zu dem sich eine künstliche Veränderung des Flusses durch Aufstau auswirkt. Oberhalb der Stauwurzel herrschen natürliche Verhältnisse, unterhalb der Stauwurzel ist durch den Stau der Wasserstand über der Gewässersohle erhöht und die Fließgeschwindigkeit herabgesetzt.
Grundsätzlich ist zwischen einer Stauwurzel am Hauptzufluss einer Talsperre und einer Stauwurzel an einem gestauten Fluss (Staustufe, Stauhaltung) zu unterscheiden.