Tracheen (Singular: Trachee oder Trachea) sind verzweigte Kanäle zur Versorgung der Gewebe eines Tieres mit Luft. Sie sind charakteristisch für die Gliederfüßer (Arthropoda) und namensgebend für die Tracheentiere (Tracheata). Im Laufe der Evolution sind sie wahrscheinlich mehrmals unabhängig aus dünnen Hautstellen entstanden und haben so den Luftaustausch über die Körperoberfläche ergänzt oder ersetzt. Die an der Körperoberfläche liegenden Öffnungen des Tracheensystems werden als Stigmen (auch Stigmata, Einzahl: Stigma) bezeichnet. Die Effizienz der Atmung über ein Tracheensystem wird durch die Diffusionsgeschwindigkeit des Sauerstoffs bestimmt, was ein Grund für die relativ geringe Größe tracheenatmender Tiere ist. Zusätzlich spielt dabei die Kompression und Entspannung der Tracheenwände eine Rolle, die durch Körperbewegungen ausgelöst werden.
Tracheen übernehmen nicht nur den Gasaustausch, sondern beim Transport von Sauerstoff ins Gewebe und dem Abtransport von Kohlendioxid auch die Rolle, die bei Wirbeltieren die Körperflüssigkeiten übernehmen. Zudem sind am Tracheensystem häufig die Gewebe fixiert, so dass es deren Position im Körper bestimmt und so einen Teil der Rolle erfüllt, die in Wirbeltieren das Skelettsystem übernimmt.
Körperflüssigkeit mit Sauerstofftransportfunktion (Lymphflüssigkeit oder Blut mit Hämocyanin oder Hämoglobin) spielt bei der Gasversorgung über Tracheen meist nur eine geringe Rolle, kann aber bei der Feinverteilung im Gewebe oder zur Sauerstoffspeicherung bei in sauerstoffarmen Gewässern lebenden Tieren dienen.