Die Vaginalzytologie (Synonym Kolpozytologie, von lateinisch Vagina bzw. griech. κόλπος kólpos ‚Scheide‘ sowie griech. κύτος kytos ‚Zelle‘ und λόγος lógos ‚Lehre‘) ist die mikroskopische Untersuchung von Zellen, die von der Innenauskleidung der Scheide – dem Vaginalepithel – gewonnen werden. Von ihr abzugrenzen ist der zur Tumordiagnostik eingesetzte Pap-Test, bei dem der Abstrich vom Gebärmutterhals und vom äußeren Muttermund entnommen wird. Da das Vaginalepithel im Menstruationszyklus unter dem Einfluss der Sexualhormone charakteristische Veränderungen zeigt, kann anhand des Zellbildes auf den Hormonstatus der Patientin geschlossen werden. Die Vaginalzytologie gilt als ein einfaches und kostengünstiges Verfahren zur Basisdiagnostik hormoneller Störungen in der Frauenheilkunde. Eine untergeordnete Rolle spielt die Vaginalzytologie auch in der Diagnostik von Scheidenentzündungen und Scheidentumoren.
Hormonabhängige Veränderungen im Verlauf des Sexualzyklus finden bei allen Säugetieren statt. Größere praktische Bedeutung hat die Vaginalzytologie in der Tiermedizin nur bei der Hündin. Hier wird sie vor allem zur Bestimmung des optimalen Deckzeitpunktes verwendet, wobei die Kombination mit einer Scheidenuntersuchung und einer Progesteron-Bestimmung die sichersten Ergebnisse liefert.
Mikroskopisch lassen sich im Vaginalepithel vier Zelltypen unterscheiden: Basal-, Parabasal-, Intermediär- und Superfizialzellen, bei der Hündin zusätzlich „Schollen“. Unter dem Einfluss von Estrogenen kommt es zu einer Zellvermehrung mit einer Verdickung des Vaginalepithels und einem vermehrten Auftreten von Superfizialzellen (follikuläres Zellbild). Ein hoher Anteil von Intermediärzellen deutet auf hohe Progesteronwerte hin (luteales Zellbild). Findet dagegen keine nennenswerte Bildung von Geschlechtshormonen statt (normal in der Kindheit und im Alter) dominieren Basal- und Parabasalzellen (atrophisches Zellbild).