Die zweite Reise der HMS Beagle vom 27. Dezember 1831 bis zum 2. Oktober 1836 war die zweite Vermessungsexpedition der Beagle unter Kapitän Robert FitzRoy.
Die Beagle segelte über den Atlantik, führte dann detaillierte hydrographische Vermessungen an den Küsten des südlichen Südamerikas durch und kehrte über Tahiti und Australien zurück, nachdem sie die Erde umrundet hatte. Das ursprüngliche Angebot an Darwin sagte ihm, die Reise würde zwei Jahre dauern; sie dauerte aber fast fünf.
Die meiste Zeit dieser Reise verbrachte Charles Darwin mit Erkundungen an Land: drei Jahre und drei Monate an Land, 18 Monate auf See.[1] Schon früh auf der Reise beschloss Darwin, dass er ein Geologiebuch schreiben könnte, und er zeigte eine Begabung zum Theoretisieren. In Punta Alta in Argentinien machte er einen bedeutenden Fund von gigantischen Fossilien ausgestorbener Säugetiere, die damals nur von sehr wenigen Exemplaren bekannt waren. Er sammelte und machte detaillierte Beobachtungen von Pflanzen und Tieren. Seine Funde untergruben seinen Glauben an die Doktrin, dass Arten unveränderlich sind, und lieferten zurück in England die Grundlage für seine Ideen zur Evolution durch natürliche Selektion.