Die zweite Reise der HMS Beagle vom 27. Dezember 1831 bis zum 2. Oktober 1836 war die zweite Vermessungsexpedition der HMS Beagle unter Kapitän Robert FitzRoy, der das Kommando über das Schiff auf der ersten Reise übernommen hatte, nachdem der vorherige Kapitän, Pringle Stokes, Selbstmord begangen hatte. FitzRoy hatte an die Vorteile gedacht, jemanden an Bord zu haben, der sich mit Geologie befassen konnte, und suchte einen Naturforscher, der sie als Zusatzperson begleiten sollte. Im Alter von 22 Jahren hoffte der Absolvent Charles Darwin, die Tropen zu sehen, bevor er Pfarrer wurde, und nahm die Gelegenheit an. Während der Reise wurde er durch die Lektüre von Charles Lyells Principles of Geology stark beeinflusst. Am Ende der Expedition hatte sich Darwin einen Namen als Geologe und Fossiliensammler gemacht und die Veröffentlichung seines Journals (später bekannt als The Voyage of the Beagle) verschaffte ihm einen großen Bekanntheitsgrad als wissenschaftlicher Autor.
Die Beagle segelte über den Atlantik, führte dann detaillierte hydrographische Vermessungen an den Küsten des südlichen Südamerikas durch und kehrte über Tahiti und Australien zurück, nachdem sie die Erde umrundet hatte. Das ursprüngliche Angebot an Darwin sagte ihm, die Reise würde zwei Jahre dauern; sie dauerte aber fast fünf.
Die meiste Zeit dieser Reise verbrachte Darwin mit Erkundungen an Land: drei Jahre und drei Monate an Land, 18 Monate auf See.[1] Schon früh auf der Reise beschloss Darwin, dass er ein Geologiebuch schreiben könnte, und er zeigte eine Begabung zum Theoretisieren. In Punta Alta in Argentinien machte er einen bedeutenden Fund von gigantischen Fossilien ausgestorbener Säugetiere, die damals nur von sehr wenigen Exemplaren bekannt waren. Er sammelte und machte detaillierte Beobachtungen von Pflanzen und Tieren. Seine Funde untergruben seinen Glauben an die Doktrin, dass Arten unveränderlich sind, und lieferten zurück in England die Grundlage für seine Ideen zur Evolution durch natürliche Selektion.