Das Zwischenverfahren ist ein Begriff aus dem deutschen Strafverfahrensrecht. Er bezeichnet den zwischen Ermittlungsverfahren (oder Vorverfahren) und dem Hauptverfahren liegenden Teilabschnitt des strafrechtlichen Erkenntnisverfahrens.
Das Zwischenverfahren beginnt mit dem Eingang der Anklageschrift bei dem zuständigen Gericht und endet mit der Entscheidung über die Eröffnung oder Nichteröffnung des Hauptverfahrens. Gesetzlich geregelt ist das Zwischenverfahren im Vierten Abschnitt des Zweiten Buches der Strafprozessordnung (§§ 199 bis 211 StPO).