Lynn Margulis (naskiĝis la 5-an de marto 1938, en Chicago, Usono, mortis la 22-an de novembro 2011, en Amherst) estis usona biologino. Ŝi estis profesoro ĉe la Universitato de Masaĉuseco ĉe Amherst.
Ŝia plej konata scienca atingo estas la remalkovro kaj pluevoluigo de la teorio pri endosimbiozo, kiu estis proponita jam en 1883 de Andreas Franz Wilhelm Schimper kaj reproponita 1905 de Konstantin Sergejeviĉ Mereĵkovski.
La teorio pri endosimbiozo supozas, ke ĉelaj organeloj kiel kloroplastoj kaj mitokondrioj origine estis memstaraj prokariotaj organismoj, kiuj frue en la evoluo eniris simbiotan kunlaboron kun aliaj ĉeloj, kiuj tiel fariĝis eŭkariotoj.
Lynn Margulis estis edzino de Carl Sagan. Ŝi havas kvar gefilojn (du kun Sagan).