Cebador

Un cebador, iniciador o primer es una cadena de ácido nucleico o de una molécula relacionada que sirve como punto de partida para la replicación del ADN. Es una secuencia corta de ácido nucleico que contiene un grupo 3'hidroxilo libre que forma pares de bases complementarios a una hebra molde y que actúa como punto de inicio para la adición de nucleótidos con el fin de copiar la hebra molde.^{[cita requerida]}

Se necesita un cebador porque la mayoría de las ADN polimerasas, enzimas que catalizan la replicación del ADN, no pueden empezar a sintetizar una nueva cadena de ADN de la nada, sino que solo pueden añadir nucléotidos a una hebra preexistente. Se necesitan dos para la reacción de PCR, uno en el extremo 3' y el otro complementario para la otra hebra. Son de aproximadamente 20 nucleótidos, porque es la cantidad necesaria para que aumente la probabilidad de que se una a un sitio específico de la cadena de ADN.^{[cita requerida]}

En la mayoría de replicaciones del ADN, el principal cebador para la síntesis de ADN es una cadena corta de ARN. Este ARN lo produce una ARN polimerasa (primasa); luego, una ADN polimerasa lo elimina y lo sustituye por ADN.^{[cita requerida]}

Muchas técnicas de laboratorio en biología molecular que utilizan ADN polimerasas necesitan cebadores; técnicas como la secuenciación de ADN y la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los cebadores usados para estas técnicas usualmente son moléculas de ADN cortas y sintetizadas de forma química, de aproximadamente veinte bases de longitud. La construcción de estos cebadores empieza con nucleósidos de 3'-hidroxilo (fosforamidita) adheridos a un material llamado vidrio de poros controlados (CPG, por sus siglas en inglés). El 5'-hidroxilo de los nucleósidos es dimetoxitritilo (DMT) cubierto, lo que previene la construcción de una cadena de nucleótidos. Para añadir un nucleótido se remueve químicamente el DMT y se añade el nucleótido. El 5'-hidroxilo del nuevo nucleótido queda bloqueado por el DMT, lo que evita la adición de más de un nucleótido a cada cadena. Después de eso se repite el ciclo para cada nucleótido en el cebador. Esta es una descripción simplificada - el proceso en realidad es bastante complicado. Por esta razón, la mayoría de laboratorios no construyen los cebadores sino que los compran a empresas especializadas.^{[cita requerida]}

La secuenciación de ADN se usa para determinar los nucleótidos en una cadena de ADN. Un método de secuenciación llamado secuenciación didesoxi, conocido también como método de terminación de cadenas o método Sanger, usa un cebador como marcador de inicio para la reacción en cadena.^{[cita requerida]}

En la reacción en cadena de la polimerasa se usan cebadores para determinar el fragmento de ADN que se amplificará en el proceso. La longitud de los cebadores no suele ser mayor de 50 nucleótidos (la longitud se mide en pares de bases, ya que el ADN usualmente es de doble filamento). La longitud del ADN de un solo filamento se mide en bases o nucleótidos, y son iguales al inicio y al final del fragmento de ADN que va a ser amplificado. Se adhieren a la hebra molde de ADN en estos puntos de inicio y fin a los cuales se une la ADN polimerasa, y empieza la síntesis de la nueva cadena.^{[cita requerida]}