Allergeen on allergiat tekitav aine.
Allergeenideks osutuvad ained varieeruvad eri inimestel (ja ka teistel loomadel). Mõne inimese jaoks on keskkonnas allergeene palju, teise jaoks vähe.
Allergeeniks võivad olla näiteks tolmulesta eritis, tolmuterad, loomakarvad jne. Toiduallergiad pole nii tavalised kui teatud toiduainete talumatus, kuid mõned toiduained, näiteks pähklid, võivad olla väga tugevaks allergeeniks.