Baeri muuseum on 1976. aastal Tartus aadressil Veski 4 avatud muuseum, kus on eksponeeritud Karl Ernst von Baeri elu ja teadustööga seotud materjale. Baer elas selles majas oma elu lõpuaastail. Baeri muuseum kuulub Eesti Maaülikoolile, kellele see läks üle Zooloogia ja Botaanika Instituudi liitumisel selle ülikooliga.
Majas on elanud vahemikus 1864–1867 [1] ka Tartu ülikooli kunstimuuseumi juhataja ning esteetika ja kunstiajaloo professor Ludwig Schwabe.[2]
Baeri muuseum loodi Eerik Kumari initsiatiivil. Baeri-uurija Jevgeni Pavlovski, kes 1965. aastal külastas Tartut, avaldas imestust, et Baeri kodulinn on olnud nii passiivne suure teadlase pärandi osas ja et isegi tema elumaja pole veel muuseumiks muudetud.[3]
Samas majas asub ajakirja Eesti Loodus toimetus.