John Sheppard (teda mängib Joe Flanigan) on väljamõeldud tegelaskuju Kanada-USA ulmetelesarjas "Tähevärav Atlantis".
Sheppardil on kolonelleitnandi auaste ning pärast Marshall Sumneri surma (osas "Rising") saab temast Atlantise ekspeditsiooni teine juht.
John Sheppard ja Rodney McKay (David Hewlett) on ainsad tegelaskujud, kes ilmuvad igas sarja osas.