Paberkromatograafia on üks planaarkromatograafia meetod, mille puhul ainete segu komponentide lahutamiseks kasutatakse kromatograafilist paberit (filterpaberit).
1. Põhiliselt kasutatava meetodi kirjeldus on alljärgnev. Paberi allserva lähedale viiakse uuritava proovi täpike, seejärel asetatakse see suletavasse silindrisse või küvetti, mille põhjas on solvendi eluendi) kiht. Solvendi front hakkab piki paberit kõrgemale tõusma, kohtab proovi ja võtab selle kaasa. Seejuures koos solvendiga liiguvad tselluloospaberil (see on polaarne statsionaarne faas) üles proovis sisalduvad vähem polaarsed komponendid kiiremini, s.t. kõrgemale. Suurema polaarsusega komponendid seonduvad paberil tugevamini ja seetõttu liiguvad aeglasemalt. Tulemuseks on, et lähtesegu komponendid lahutuvad eri kõrgustel olevateks laikudeks.
2. Kui eelkirjeldatud meetodil komponendid ei lahutu piisavalt, siis on võimalik teises etapis kasutada esimesest erinevat solventi (eluenti), kusjuures nüüd asetatakse sellesse paberi teisesuunaline serv. Siin on tegemist kahesuunalise ehk kahedimensionaalse paberkromatograafiaga.
3. Mõnel juhul on kasutatav tsirkulaarne kromatograafia. See on paberkromatograafia variatsioon, mille pulul kasutatakse ümmargust filterpaberit ja proov viiakse selle tsentrisse. Paber asetatakse horisontaalselt Petri tassile, selle põhjas on solvent, mida vastava tahi kaudu lisandub paberi tsentrisse ja mis liigub radiaalselt tsentrist kaugemale. Aurustumise vältimiseks suletakse süsteem kaanega. Lahutunud ained moodustuvad paberil kontsentrilised ringid.
Paberkromatograafia korral on sisuliselt tegu jaotuskromatograafiaga, kuna liikumatuks faasiks on siin paberi kiududel adsorbeerunud vesi või on paber immutatud orgaanilise ainega. Paberkromatograafiat kasutatakse laborites analüütilise meetodina, see nõuab proovi vaid mikrogrammides ja on kiire ning odav meetod.